Только что понял что скелет .gr2 экспортируется в правильном положении, т.е. без наклонения в 90 градусов. Я всё оказывается экспортировал правильно, но чтобы привязать это к модели в игре, нужно было её наклонить на 90 градусов, а до этого я не догадался.
Удивительно как всё, простите, через задницу делается...