Формально можно сделать несколько разных стеков в армии и достигнуть Вашего требования.
Либо, если карта только для одиночной игры, можно задействовать combat скрипты.
Ещё можно провернуть вот такую хитрость: заменить стандартное действие при нападении на нейтрала и заставить героя сражаться с другой армией (с помощью StartCombat, там можно в подробностях прописать все отряды, с которыми предстоит сражаться). После окончания боя в случае победы удалить скриптом нейтральный отряд, на который мы как бы "напали". В случае поражения, правда, будет сложнее -- опять понадобятся combat-скрипты, чтобы проверить, сколько именно вражин нам удалось убить перед поражением, чтобы вычесть их из нейтрального войска. Либо можно забить на этот момент и ничего не делать в случае поражения.
Очевидно, самый простой вариант -- первый.