Если ставить собой цель заставить работать уже правильно обученную систему, то необходимо иметь в Базе данных связки. Но надо проверять, как ИИ будет вести себя с ними.
Хотя, я думаю, досточно создать двумерную табличку, где определить сочетаемость юнитов, выставляя в каждой клеточке вес - и уже по нему определять факт генерации. Для связок вес будет высок, для остальных будет одинаково низок. Вес между добрыми и злыми расами будет 0.

Добавлено через 12 минут

RedHeavenHeroC NCF разнообразит, так как там ещё один грейд, что в сумме даёт аж 4 версии каждого существа. К тому же некоторых нейтралов можно запросто привязать к основным расам, например, каратели --> орден порядка, знахари --> лесной союз, могильщики --> некрополис.

Для сингла это будет здорово, но для мульта обилие имбалансных юнитов - это нехорошо. Кстати, твоих тоже можно добавить Но только надо наверняка повысить им значение силы для генерации.
Да и правильно, что существ надо распределить по расам.